Médicos Sem Fronteiras oferece cuidados de saúde a pessoas em necessidade de ajuda humanitária. Os principais contextos nos quais a organização atua são conflitos armados, epidemias, catástrofes naturais e situações que envolvem refugiados e deslocados internos. Além de oferecer cuidados de saúde em situações de extrema urgência, as equipes também estão presentes onde as populações sofrem com a falta de acesso à assistência médica.

Como organização que atua de forma independente, neutra e imparcial, MSF determina, de acordo com sua própria avaliação, onde, quando e como atuar. Um projeto pode ser desencadeado pela existência de uma situação de crise que requer uma resposta humanitária emergencial, pelo pedido de organizações internacionais, de governos ou mesmo de outras organizações não governamentais ou ainda pela identificação de uma demanda de saúde específica, com a qual a organização considera que possa contribuir de forma relevante.

No local, profissionais de MSF analisam, de acordo com o contexto, o número de pessoas afetadas, as necessidades de saúde, as condições de vida, água e saneamento, o ambiente político e a capacidade local de responder ao problema. Assim, a organização toma a decisão de atuar ou não naquele país, determinando as prioridades e compondo a equipe que entrará em ação e os recursos necessários para iniciar o projeto.

Quando a atuação se dá em resposta a uma emergência repentina, como uma catástrofe natural, ela pode ser viabilizada entre 48 e 72 horas. Por trás da agilidade de MSF, está um sistema de logística extremamente eficiente que envolve a padronização dos métodos de trabalho, a manutenção de estoques permanentes e a experiência dos profissionais. Em 1980, a organização passou a utilizar kits personalizados e adaptados para cada contexto, que são pré-embalados e prontos para viagem e são constantemente aprimorados. Os kits contêm medicamentos, suprimentos e equipamentos básicos e atendem desde campanhas de vacinação até a montagem de um hospital inflável.